男性生殖道感染已经成为男性不育，特别是继发性不育最重要的原因，防治生殖道感染已经成为防治男性不育的重要措施。
引起男性生殖道感染常见微生物有：细菌、支原体、衣原体、滴虫等。男性生殖道感染主要影响性腺的正常分泌及生精功能，造成精子形态的改变、活力及存活期缩短，失去受精能力；导致输精管道狭窄甚至梗阻，使精子不能顺利通过；还可引起免疫功能异常（血睾屏障被破坏），发生免疫反应，产生抗精子抗体，使精子失活，造成少精和无精，阻止精、卵结合从而引起男性不育。
沙眼衣原体
沙眼衣原体是一类严格寄生于真核细胞内的原核细胞型微生物，可通过性接触传播，是性活跃的男女人群中最普遍的性传播疾病之一，可引起非淋菌性尿道炎、特发性睾丸炎、无菌性前列腺炎。
解脲支原体
解脲支原体会直接粘附于精子的头部和尾部，会产生精子凝集素（AsAb），还会引起精浆微量元素的改变（锌和硒含量明显降低，钆含量明显升高），从而影响精子的运动、活力和数量。
大肠杆菌
大肠杆菌会引起精子凝集、抑制精子运动和杀死精子。当细菌浓度达到一定数量时可引起精子凝聚，干扰生育。
淋球菌
淋球菌是严格的人体寄生菌，人类是它的唯一自然宿主。淋球菌对柱状上皮细胞和移行上皮细胞构成的黏膜有特殊的亲和力，易侵犯男性的前、后尿道，前列腺，精囊，附睾。淋球菌侵袭睾丸和附睾，能使精子形态异常，破坏精子膜和顶体。
阴道加德纳菌
阴道加德纳菌是Gardner和Duke于1955年从女性阴道炎者病灶部分离到的棒状杆菌。阴道加德纳菌感染可累及睾丸、附睾及其他附属性腺，因而精子在其发育和成熟的不同阶段都可能受到感染的影响。
现在越来越多的男性认识到男性生殖道感染与不育有着密切的关系，男性生殖道感染主要通过引起局部的炎症反应，破坏生殖系统，阻塞生殖道，同时产生炎症介质，引起精子质量的下降，生殖道感染还可以传染给性伴侣造成不孕。及时的治疗生殖道感染现已成为防治不育的重要措施。
